La historia del Huila está sostenida en el legado de la cultura San Agustín, situada entre los años 1000 AC y 1650 DC. La importancia de esta cultura fue reconocida por la UNESCO, que en 1995 les confirió a los parques arqueológicos de San Agustín, Alto de Los Ídolos y Alto de Las Piedras, la dignidad de Patrimonio Cultural de la Humanidad.
Cuando llegaron los conquistadores españoles hacia 1538, la región estaba poblada por numerosas comunidades indígenas: en el norte habitaban los pijaos, en el sur los andaquíes y yalcones, en el occidente los paeces y en el oriente los tamas.
La primera expedición que logró atravesar la cordillera y llegar al valle del alto Magdalena, estaba comandada por Sebastián de Belalcázar: en tanto Gonzalo Jiménez de Quesada llegó por el norte; los españoles tuvieron que enfrentar a los aborígenes, que desde ese momento libraron violentas luchas para defender su territorio; entre estas contiendas se destaca la que sostuvo contra el conquistador Pedro de Añasco, la Cacica Gaitana, quien se rebeló porque su pueblo estaba siendo desposeído de sus tierras y obligado a pagar tributos a los españoles; como ella se opuso a que Añasco convirtiera en su servidor a Timanco, su hijo, aquel ordenó que el muchacho fuera quemado vivo en presencia del pueblo para que sirviera de escarmiento. Para vengarse de Añasco y de sus soldados, Gaitana comenzó una fuerte lucha que le permitió vencer a su enemigo; una vez vencido le sacó los ojos y lo condujo así por todo el pueblo. A pesar de las valientes y numerosas luchas, los grupos indígenas del Huila fueron exterminados por las tropas españolas.
Dado que el camino real que comunicaba a Santafé con el sur recorría casi toda la provincia, permitía a las comunidades estar al tanto de los procesos políticos, sociales y económicos que se experimentaban en las ciudades más importantes del gobierno colonial e inducía a sus habitantes a tomar partido frente a dichos procesos. Hacia finales del siglo XVIII la provincia de Neiva contaba con una ciudad, Neiva, y se reconocían como villas a las poblaciones de Timaná, La Plata y Purificación, lo que daba cuenta del desarrollo que tenía la provincia. Durante la colonia se fundaron pueblos de indios y mestizos y se crearon haciendas ganaderas de amplia extensión; también se dio inicio la explotación cauchera, con la posterior construcción de nuevas vías y poblados. El territorio hizo parte de la enorme provincia de Popayán hasta 1610, año en que se creó la provincia de Neiva, creada una vez que los pijaos fueron sometidos y las autoridades españoles aseguraron el libre tránsito entre Santafé y los pueblos del macizo Colombiano.
Ya en la época de la independencia hizo parte de las Provincias Unidas de la Nueva Granada como el Estado Libre de Neiva; dicho estado proclamó su independencia el 8 de febrero de 1814 con representantes de Neiva, La Plata, Timaná y Purificación, quienes se reunieron en convención con el fin de redactar una Constitución para el Estado Libre y la cual fue expedida el 23 de septiembre de 1814 y revisada el 31 de agosto de 1815; sin embargo los ejércitos neivanos cayeron en 1816, cuando los españoles retomaron control sobre el territorio.
Luego de ser reconquistado y ser nuevamente independizado, el territorio huilense hizo parte del departamento de Cundinamarca (Gran Colombia) entre 1819 y 1831, año en que nuevamente se denominó provincia de Neiva y pasó a formar parte de la República de la Nueva Granada. Durante más de 20 años no se variaron sus límites hasta 1857 en que se creó el estado de Cundinamarca y se le agregó a este; esto fue así hasta 1861, cuando pasó a la jurisdicción del estado del Tolima.
